Eenzaamheid vergroot de kans op gezondheidsproblemen. Gezondheidsproblemen waarvoor eenzaamheid een onafhankelijke risicofactor vormt zijn onder meer hartproblemen , depressie en dementie . Een consistente bevinding, ook in Nederlands onderzoek, is dat eenzamen eerder overlijden dan niet-eenzamen, onafhankelijk van andere factoren, en dan vooral als zij ook depressieve klachten hebben . In een meta-analyse (een onderzoek dat effecten uit andere onderzoeken samenvat) bleek dat het gevolg van tekortschietende sociale relaties en eenzaamheid op vervroegd overlijden gelijk was aan dat van roken en overmatig alcoholgebruik; en sterker dan het effect van te weinig bewegen en obesitas . Mogelijke verklaringen voor dit verband zijn dat eenzaamheid leidt tot chronische stress en daardoor het immuunsysteem aantast, de fysieke weerbaarheid vermindert, en gezond gedrag en een gezond voedingspatroon tegengaat .

Omgekeerd kunnen gezondheidsproblemen en functiebeperkingen ook bijdragen aan eenzaamheid . Mensen met functiebeperkingen zijn dikwijls beperkt in hun mobiliteit en daarmee ook verminderd in staat tot het onderhouden van sociale relaties . Slecht ter been zijn bijvoorbeeld is een obstakel om een bezoek aan iemand te brengen.

Bij mensen met cognitieve problemen nemen de vaardigheden om het contact te onderhouden en te communiceren af . Soms ook uit schaamte voor de achteruitgang gaan mensen het contact uit de weg. Mensen met (licht) cognitieve problemen hebben daardoor een grotere kans om sociaal geïsoleerd te raken en eenzaam te worden .

Over het algemeen bemoeilijkt een slechts gehoor of zicht de communicatie en heeft deze een negatief effect heeft op de sociale inbedding . Sensorische restricties leiden niet altijd tot een kleiner aantal relaties of een mindere relatiekwaliteit , maar bekend is dat eenzaamheid onder slechthorenden sterker is dan onder mensen zonder gehoorproblemen tenzij adequate hulpmiddelen worden ingezet . Overigens kan een slechtere gezondheid ook indirect een gunstig effect hebben op eenzaamheid als het sociale netwerk een bron van steun is. Ziekte kan instrumentele hulp en emotionele bijstand mobiliseren en daarmee de eenzaamheid verminderen .